Proteinele izolate sunt suplimente proteice care sunt specifice prin faptul că au un conținut de peste 90% proteine. Proteinele izolate sunt obținute fie printr-un proces de microfiltrare, fie prin metoda schimbului ionic. Proteinele izolate obținute prin procesul de microfiltrare sunt considerate a fi forma cea mai pură a proteinei din zer. Pentru proteinele obținute prin acest proces se elimină lactoza și grăsimea cu ajutorul unor filtre ceramice. După acest proces, proteina rămâne în starea inițială intactă și în același timp nu intră în contact cu niciun produs chimic. Proteinele izolate din zer microfiltrat sunt practic lipsite de grăsimi și lactoză, având un raport mai mare de proteine decât concentratele din zer. Sunt ușor absorbabile, gustoase și conțin o cantitate mare de aminoacizi ramificați BCAA. Proteinele izolate obținute prin metoda schimbului ionic separă proteinele pe baza sarcinii lor electrice. De asemenea, sunt bine solubile și nu conțin lactoză sau grăsimi. Conțin aproximativ cu 5% mai multe proteine decât izolatul microfiltrat. Sunt potrivite pentru persoanele care au probleme cu digestia.